Η Φαρμακευτική είναι μια από τις πρώτες επιστήμες που διδάχθηκαν στο Πανεπιστήμιο Αθηνών. Στις 18 Μαϊου 1835 υπεγράφη Βασιλικό Διάταγμα για τη σύσταση στην Αθήνα "θεωρητικού και πρακτικού διδασκαλικού καταστήματος Χειρουργίας, Ιατρικής και Φαρμακοποιίας", δηλαδή ακριβώς ένα χρόνο, πριν από το το Β.Δ. του 1836 με το οποίο συστήθηκε το Πανεπιστήμιο Αθηνών.
Ωστόσο, οι φαρμακοποιοί προϋπήρχαν στη χώρα. Σύμφωνα με τους ιστορικούς, "στους προεπαναστατικούς χρόνους, τα Ελληνικά φαρμακεία περιεφέροντο επί κεφαλής των ιατρών σαν μεγάλη φυσιγγιοφόρος προθήκη, περιέχουσα φάρμακα πρώτης ανάγκης. 'Αλλα φάρμακα επίσης επωλούντο στα"αχράρικα" ή εχορηγούντο από κομπογιανίτες που έκρυβαν επιμελώς στα σελάχια τους ή επίσης επωλούντο από γηραιές γιάτρισες, οι οποίες με ιδιαίτερη στοργή ήσκουν τη θεραπευτική επί των ασθενών". Συνταγογραφικά προϊόντα της εποχής, ήταν το αντιπυρετικό μαντζούνι, οι δυναμωτικές στάλες, τα χάπια κλπ.
Το πρώτο Φαρμακευτικό Σχολείο ιδρύθηκε το 1843. Τα πρώτα μαθήματα στα 3 εξάμηνα διδασκαλίας ήταν η Φυσική Χημεία, η Φυσική Ιστορία, η Ιατική Ύλη, η Βοτανική, η Φαρμακολογία, η Τοξικολογία και τα εργαστήρια τους. Οι απαιτήσεις πρόσθεσαν τις γνώσεις της Ελληνικής και Λατινικής γλώσσας και 3 χρόνια πρακτική προεξάσκηση σε φαρμακείο. Οι σπουδές αυξήθηκαν σε 2 χρόνια.
Ο Οργανισμός όμως του Φαρμακευτικού Σχολείου, υποβλήθηκε επανειλημμένα σε τροποποιήσεις. Το 1905 επανήλθε στην Ιατρική Σχολή για να επιστρέψει στη Φυσικομαθηματική το 1922, όπου παρέμεινε μέχρι το 1982, όταν έγινε Τμήμα της Σχολής Επιστημών Υγείας, μαζί με την Ιατρική, την Οδοντιατρική και τη Νοσηλευτική.
Το πρώτο Φαρμακευτικό Εργαστήριο στεγαζόταν στη γωνία των οδών Ακαδημίας και Β. Σοφίας. Το πρώτο επίσημο εργαστήριο ιδρύθηκε το 1837 στο υπόγειο του Πανεπιστημίου. Το 1866 ανέβηκε σε δύο δωμάτια του ισογείου και το 1869 ιδρύθηκε το λεγόμενο "Φαρμακευτικό Φροντιστήριο" στα τρία βόρειο-ανατολικά υπόγεια του Πανεπιστημίου.
Το 1870 κτίστηκε στην αυλή της οικίας Παπαδοπούλου (Μασσαλίας και Ακαδημίας) το πρώτο Χημείο και το έτος 1928 μεταφέρθηκε στην οδό Σόλωνος. Το κτίριο αυτό οικοδομήθηκε το 1890, καταστράφηκε από πυρκαγιά το 1910 και επαναλειτούργησε το 1913.
Η πρώτη Έδρα της Φαρμακευτικής ήταν η Φαρμακευτική Χημεία, ενώ το 1932 ιδρύθηκε η Έδρα της Φαρμακογνωσίας. Η Έδρα της Φαρμακευτικής Τεχνολογίας ιδρύθηκε πολύ αργότερα, το 1979. Με το νόμο 1268 του 1982, οι έδρες αυτές μετονομάστηκαν σε Τομείς.
Η φοίτηση στο Τμήμα Φαρμακευτικής από το Ακαδημαϊκό Έτος 1993-94 είναι πενταετής (10 εξάμηνα), σύμφωνα με το Προεδρικό Διάταγμα 110/1993.